La costruzione della chiesa e del convento, destinati ad accogliere i Cappuccini espulsi dalla Repubblica Veneta, fu realizzata tra il 1606 e il 1610 per decisione di Francesco Gonzaga. Il principe, animato da una profonda sensibilità religiosa, soprattutto dopo la beatificazione del fratello Luigi, si impegnò molto nel favorire e sviluppare la presenza di ordini religiosi a Castiglione, tanto che seguì personalmente i lavori del complesso conventuale, progettandone alcune parti.