Aperto nel 1983 e riallestito nel 2008, il Museo Diocesano ha sede nel chiostro superstite del trecentesco monastero di Sant’Agnese ed è intitolato al Venerabile Francesco Gonzaga (1546-1620). Una sezione del museo è dedicata agli arredi liturgici, con una scelta di mobili e di raffinati calici, pissidi, ostensori, reliquiari, croci astili, anelli e croci pettorali, che documentano l’evolversi dell’oreficeria dal XIII al XX secolo. Un’altra sezione è relativa alla storia della diocesi, con ritratti dei vescovi e documenti, spesso sorprendenti, delle specifiche devozioni mantovane, in particolare il Preziosissimo Sangue e il patrono Sant’Anselmo. Di speciale interesse è poi la sezione in cui è riunita pressoché tutta l’oreficeria dei Gonzaga sopravvissuta a vendite e saccheggi.